Pokud nalezneme příčinu mužské neplodnosti v anatomických odchylkách reprodukčního traktu, bývá řešení chirurgické. Operačních postupů a metod je celá řada a jsou zatíženy malou úspěšností.
Někdy je jako příčina neplodnosti nalezena v minulosti prodělaná infekce pohlavního traktu, která zde zanechala jizvení nebo srůsty.
Nízká úspěšnost chirurgické léčby neplodnosti u mužů vedla k rozvoji technik, kterými získáváme zárodečné buňky přímo z varlete nebo nadvarlete (MESA, TESE)